Фамилия Духины — а точнее, её мужская форма Духин — образована по самой ходовой в русском языке модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Духов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Дух.

Дальше начинается самое интересное. В русских говорах слово «дух» имело не только религиозное или мистическое значение. В забайкальском диалекте, например, «духами» называли загонщиков — тех, кто гонит зверя прямо на охотника. Это тяжёлая и опасная работа, требовавшая выносливости и знания леса. Вполне вероятно, что предок современных Духиных был именно таким промысловиком-загонщиком. Версия с профессиональным прозвищем выглядит убедительнее, чем гипотеза о еврейской основе: никаких устойчивых ономастических параллелей, связывающих «дух» с еврейскими фамилиями, в научной литературе не приводится, так что это скорее догадка, не подкреплённая данными.

Иногда прозвище Дух могли дать человеку вспыльчивому, «горячему» или, наоборот, очень худому, «лёгкому, как дух». В старых писцовых книгах встречаются имена и прозвища, образованные от этого корня: скажем, крестьянин Дух упоминается в новгородских документах XV века. Но связать конкретно фамилию Духин с одним-единственным историческим лицом пока не удаётся.

Фамилия редкая, географически размытая: встречается и в центральных областях России, и на Урале, и в Сибири — что косвенно подтверждает версию с загонщиками, поскольку промысловый отхожий промысел был распространён именно в этих регионах. В написании вариантов почти нет: Духин и Духины — единственная устоявшаяся форма, без чередования корня.