Фамилия Духинов образована от прозвища или нецерковного имени Духаня. В её основе лежит слово «дух», но прямое значение было не мистическим, а бытовым. В русских говорах «духаня» — ласковое обращение к тому, кто часто и тяжело дышит, либо к человеку с заметным, «духовитым» запахом (не обязательно неприятным — так могли назвать и того, кто пахнет травами, сеном или смолой). Есть и другая версия: в некоторых регионах «духаном» называли торговца духами или благовониями, а «духаня» — уменьшительная форма от этого слова.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Духинов — «сын Духани». Такая модель типична для фамилий, образованных от основ на -а/-я (ср. Пушкин, Ильин). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — ДухИнов, хотя в устной речи встречается и вариант с ударением на первый.

Географически фамилия редкая. По данным переписей и телефонных справочников, основные очаги — Владимирская и Нижегородская области, а также отдельные семьи в Сибири (потомки переселенцев конца XIX века). В дореволюционных метрических книгах Духиновы чаще записаны как крестьяне или мещане, реже — как купцы. Фамилия не встречается среди дворянских родов, внесённых в родословные книги.

С точки зрения словообразования, Духинов стоит в одном ряду с фамилиями Духов, Духин, Духанкин. Но если Духов могло быть искусственным семинарским вариантом (от «Святой Дух»), то Духинов — однозначно мирское, прозвищное образование. Это важно: фамилия не несёт религиозного смысла, а привязана к конкретному человеку, получившему прозвище за внешнюю или поведенческую черту.