Фамилия Духовников — один из тех случаев, когда происхождение лежит на поверхности, но за простотой кроется неочевидный нюанс. В основе — прозвище Духовник. Казалось бы, всё ясно: духовник — это священник, принимающий исповедь, наставник в вере. Отношения с ним строятся на послушании и доверии, он не только руководит духовной жизнью «чада», но и молится за него, утешает в скорбях, помогает советом. Отсюда прямой путь к «профессиональной» фамилии: сын священника, внук священника.

Но вот что интересно: прозвище Духовник могли дать не только самому батюшке. В крестьянской и мещанской среде так нередко называли просто набожного мирянина — человека, который слишком много времени проводил в храме, знал службу лучше иных клириков, любил поучать или, напротив, был известен своим смирением, рассудительностью и любовью — теми качествами, которые Православная Церковь считает основными для настоящего духовника. Ещё одна версия — преподаватель духовной семинарии, который, не будучи рукоположенным, всё равно нёс «духовное» знание.

Суффикс -ов в фамилии Духовников — стандартный патронимический, указывающий на принадлежность: «чей?» — Духовников, то есть сын Духовника. Модель образования типична для центральной России: от прозвища на -ик отсекали конечный согласный и добавляли -ов. Забавно, что если бы прозвище звучало как Духовный, фамилия была бы Духовнов, но в реальности закрепилась именно форма с корнем «духовник».

Стоит заметить, что фамилия эта не из самых частых, но и не редкая. Она встречается в основном в бывших губерниях центральной России и Поволжья — там, где церковная жизнь была плотной, а духовное сословие многочисленным. Однако носители Духовниковых далеко не всегда были потомками священников: нередко фамилию получали дети тех самых набожных мирян или церковных служек, не имевших сана.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не выделяется отдельно, но по модели образования она попадает в группу фамилий от названий лиц по роду занятий или характерному признаку — таких, как Попов, Дьяконов, Молитвин. Разница лишь в том, что «духовник» — понятие не столько должностное, сколько функциональное, что и даёт простор для разных толкований.