Фамилия Духовников образована от прозвища Духовник, которое восходит к аналогичному нарицательному. Духовник — это священник в православной церкви. У духовника православный христианин регулярно исповедуется, являясь по отношению к нему «духовным чадом». Отношения духовника и его чада основаны на послушании. Духовник не только руководит духовной жизнью чада, утешает в скорбях и советом помогает ему разрешить различные житейские вопросы, но обычно также молится о своём чаде. Основные качества духовника, по учению Православной Церкви — это смирение, рассудительность и любовь. Таким образом, прозвище Духовник относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Однако, Духовником могли прозвать просто набожного человека, который много времени проводил в церкви, либо преподавателя духовной семинарии. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Духовник, со временем получил фамилию Духовников.