Фамилия Духовникова — одна из тех, что прямо указывает на церковную среду. Её основа — слово «духовник», которым в православной традиции называют священника, принимающего исповедь и руководящего духовной жизнью своих чад. Отношения строились на послушании и доверии: духовник не только отпускал грехи, но и утешал в скорбях, помогал советом в житейских делах, молился за того, кто ему открывался.

Словообразовательная модель проста: прозвище Духовник (или прямое мирское именование по должности) плюс типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Духовникова). Женская форма фамилии — Духовникова — закрепилась за потомками того самого человека, которого в округе звали Духовником.

Но не стоит думать, что прозвище давали исключительно священникам в сане. В быту Духовником могли назвать и набожного мирянина, который подолгу стоял в церкви, знал службу наизусть и сам давал советы соседям. Или — преподавателя духовной семинарии, который учил будущих пастырей. В крестьянской и мещанской среде такие именования нередко прилипали к человеку за его поведение, а не за официальный статус.

Интересно, что фамилия Духовников (и её женская форма) встречается заметно реже, чем, скажем, Попов или Пономарёв. Это объяснимо: духовник — должность более узкая, не каждый священник был духовником для прихожан. В некоторых регионах — например, в центральных губерниях России — фамилия фиксируется в исповедных росписях и метрических книгах XIX века, но массовой не стала. Это делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если ваши предки носили фамилию Духовниковы, велика вероятность, что они были связаны с приходом — либо как священно- и церковнослужители, либо как особо религиозные крестьяне.

С точки зрения ономастики, фамилия относится к группе «профессионально-церковных» прозвищных образований, которые Б. Унбегаун в своём словаре русских фамилий относит к разряду семинарских и простонародных одновременно. Двойственность как раз в том, что прозвище могло возникнуть и в среде духовенства, и в народной среде — по внешнему признаку благочестия.