Фамилия Духовницкий — яркий пример так называемых «семинарских» фамилий, которые в массе своей возникли в духовных училищах и академиях Российской империи в XVIII–XIX веках. Её основа — слово «духовник» или, точнее, прилагательное «духовницкий», то есть относящийся к духовнику, духовному отцу. Суффикс -ский здесь не случаен: именно по этой модели — от прилагательных на -ский — образовывали фамилии выпускникам семинарий, часто от названий церквей, икон или церковных должностей. В отличие от более древних фамилий крестьян и дворян (на -ов, -ин), семинарские фамилии нередко были искусственными: их придумывали наставники, чтобы выделить ученика, дать ему благозвучную или назидательную фамилию.

По одной из версий, фамилию могли дать сыну или родственнику духовника — священника, принимающего исповедь. Такая практика была распространена: отца звали, скажем, «духовник», а его сына в училище записывали как Духовницкий. Вторая версия, менее вероятная, но возможная, связывает фамилию с топонимом: в России есть несколько сёл и посёлков с названием Духовницкое (например, в Саратовской области). Однако в случае с фамилией Духовницкий первичным, скорее всего, было именно прозвание по должности, а не по месту жительства. Семинаристам часто давали фамилии, образованные от церковных терминов, и «Духовницкий» вписывается в этот ряд — рядом с такими же искусственными фамилиями, как Троицкий, Успенский, Покровский.

Словообразовательная модель проста: корень «дух-» (связанный с душой, духовностью), суффикс -овн- (как в слове «духовный»), затем -ицк- (вариант суффикса -ск- после мягкого согласного) и окончание -ий. Если сравнить с однокоренными фамилиями, Духовников и Духовский — более прозрачные варианты, но Духовницкий звучит архаичнее, как раз в духе семинарской традиции XVIII века, когда ценилась книжная, «учёная» форма.

Географически фамилия не привязана к какому-то одному региону — носители встречаются и в центральной России, и на Украине, и в Поволжье, что подтверждает её искусственное происхождение: семинаристов после учёбы распределяли по разным епархиям. В дореволюционных метрических книгах Духовницкие чаще всего значатся как лица духовного звания — диаконы, священники, псаломщики. Сословная принадлежность здесь почти не вызывает сомнений: это фамилия потомственного духовенства, а не крестьян или купцов.