Фамилия Духовник — один из тех случаев, когда прозвище или профессия напрямую перешли в наследственное именование, почти не изменившись. В основе лежит слово «духовник» — священник, принимающий исповедь, духовный наставник. В отличие от фамилий, образованных от церковных чинов (Попов, Дьяконов), здесь нет суффикса принадлежности. Форма Духовник — это «застывшее» прозвище или прямое указание на занятие, которое закрепилось за родом без дополнительной обработки. Такая модель встречается реже, чем патронимические фамилии на -ов/-ев, и указывает на более позднее или нестандартное оформление.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии был либо сельским священником, исполнявшим роль духовника для прихожан, либо монахом, известным строгостью и даром наставничества. В крестьянской и мещанской среде духовника часто выделяли по его функции, а не по имени отца — отсюда и прямое прозвище. Менее вероятно, что фамилия произошла от имени Духовник — такого календарного имени нет. Однако в некоторых говорах слово могло иметь переносное значение: «духовником» называли грамотного, начитанного человека, к которому ходили за советом, или даже отшельника, живущего при часовне.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где была распространена модель «прозвище без суффикса». Встречается она и у старообрядцев, у которых духовник играл особую роль в общине. В списках духовенства XIX века фамилия Духовник нередка — её могли давать детям священников при поступлении в семинарию, но уже как готовую фамилию, а не прозвище. Таким образом, перед нами не «сын духовника», а сам духовник, чей род продолжил его дело или просто сохранил память о предке-наставнике.