Фамилия Духовных — одна из тех, что сразу привлекает внимание своим необычным окончанием. Вместо привычных -ов или -ин мы видим окончание -ых, которое выдает в ней северный, а точнее, архангельский или вятский след. Такие фамилии на -их/-ых (Черных, Скорых, Долгих) в центральной России почти не встречались — это характерная черта северорусской ономастики. Если предки были из тех краев, то фамилия закрепилась в форме родительного падежа множественного числа: «из рода Духовных».

Основа фамилии — «духовный». В дореволюционной России это слово имело прямое отношение к церкви: духовное лицо, духовное сословие, духовное училище. Скорее всего, прозвище Духовной дали человеку, который был как-то связан с церковной средой. Это мог быть сын священника или дьячка, семинарист, а то и просто набожный крестьянин, которого за строгость нравов прозвали «духовным». В словарях фамилий (например, у Б. Унбегауна) такая модель встречается: от качественного прилагательного образовывали прозвище, которое затем застывало в фамилии.

Интересно, что фамилия не перешла в стандартную форму «Духовнов» или «Духовнин», как это часто делали при переписях, пытаясь «обрусить» неудобное окончание. Сохранение формы на -ых говорит о том, что носители крепко держались за местный говор и не мигрировали в центральные губернии, где их фамилию могли переделать. Встречается она и сегодня в основном на севере европейской части России, а также в Сибири — туда переселенцы увозили свой говор с собой.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с топонимом — селом или деревней Духовное. Такие названия давали по церкви Святого Духа. В этом случае фамилия указывала на выходца из конкретного места, но и тут она сохранила бы ту же северную модель образования. Какой бы ни была точная причина, ясно одно: фамилия Духовных — это не про «духовность» в абстрактном смысле, а про реальную связь с церковной жизнью или географией Русского Севера.