Фамилия Духовный — одна из тех, что прямо указывает на связь человека с религиозной сферой. Её основа — прилагательное «духовный», то есть «церковный, противоположный светскому». Чаще всего такое прозвище давали набожному человеку, который проводил много времени в храме, строго соблюдал обряды и выделялся благочестием среди соседей.

Но есть и более конкретная версия, которую поддерживают ономасты: Духовным могли прозвать ученика или преподавателя духовной семинарии. В среде семинаристов фамилии часто давались по учебному заведению или по склонностям воспитанника, и «Духовный» звучало как прямая характеристика — «относящийся к духовному училищу». Такие фамилии были особенно распространены среди выходцев из духовного сословия, хотя формально не закрепляли за человеком сан.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -н- превращает существительное «дух» в прилагательное, а затем в фамилию, которая застыла в форме полного прилагательного. Это редкий случай среди русских фамилий — большинство оканчивается на -ов/-ев или -ин. Фамилии на -ский (вроде Духовский) встречаются чаще, а вот Духовный — штучный вариант, который мог закрепиться в южных и западных регионах Российской империи, где влияние польской и украинской ономастики сильнее.

В любом случае, основатель рода Духовных — человек, чья жизнь была заметно связана с церковью: либо глубоко верующий мирянин, либо семинарист, либо священнослужитель. Фамилия не даёт ответа, был ли он сам священником, но однозначно указывает на среду, в которой вращались его предки.