Фамилия Дуньшакова — женская форма фамилии Дуньшаков, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое легло в основу. Сама основа — «Дуньшак» — звучит необычно и сразу обращает на себя внимание. Скорее всего, это производное от имени Дуньша, которое, в свою очередь, является уменьшительно-ласкательной формой от Дунька — просторечного варианта имени Авдотья (народная форма Евдокии). Суффикс «-ак» в русских фамилиях и прозвищах часто указывал на принадлежность к чему-то или выделял характерный признак: например, Дуньшак могло означать «сын или человек Дуньши» или же «тот, кто связан с Дуньшей» (как мужик, живущий в доме у Авдотьи, или её работник). Такая модель образования характерна для восточнославянских фамилий, особенно в Поволжье и на Урале, где суффиксы «-ак» и «-як» были продуктивны.

Вторая, менее вероятная версия, связывает основу с тюркскими корнями. В башкирском и татарском языках есть слово «дуң» или «дуңгыз» (свинья), но это даёт скорее прозвище Дуньшак, которое могло быть дано не в обиду, а по внешнему сходству или поведению. Однако, учитывая, что фамилия оканчивается на «-ов» (а не на «-ев» или «-ин»), и что в русской ономастике суффикс «-шак» встречается редко, первая версия с русским женским именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Дуньшаковы, судя по доступным данным, встречается в южных регионах России и в Сибири, но не является массовой. Это редкая фамилия, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от прозвища одного человека, который был известен в своей деревне или слободе. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, а само прозвище Дуньшак закрепилось за родом, где в семье была заметная женщина по имени Дуньша (Авдотья).