Фамилия Дунакова — женская форма фамилии Дунаков, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Основа здесь не река Дунай, как может показаться на первый взгляд, а личное имя или прозвище Дунак. В русской ономастике суффикс -ак часто указывал на человека по характерному признаку или месту: «дунак» — это не «житель Дуная», а, скорее всего, выходец с Дуная или человек, имевший к этой реке какое-то отношение (например, торговавший по Дунаю или побывавший там в походах). В словаре Б. Унбегауна фамилии на -ак/-як считаются типичными для украинской и южнорусской традиции, что даёт нам первую зацепку: корни фамилии, вероятно, лежат в чернозёмных областях России или на Украине.

Есть и другая, менее распространённая версия: в некоторых говорах «дунак» — это название рыбы (разновидность сельди или мелкого сома), так что прозвище мог получить рыбак или торговец рыбой. Но эта гипотеза слабее, потому что в письменных источниках XVI–XVII веков (например, у С. Веселовского) встречаются именно «дунаки» как люди, а не как рыбы. Фамилия могла возникнуть в среде казачества или служилых людей, которые ходили в походы на юг и сталкивались с Дунаем как с важной географической границей.

Суффикс -ов в мужской форме Дунаков указывает на принадлежность: «сын Дунака». Это стандартная русская патронимическая модель, которая закрепилась в XVI–XVII веках. Таким образом, первый носитель фамилии был либо сыном человека по прозвищу Дунак, либо сам носил это прозвище, а его потомки уже записались как Дунаковы. Географически фамилия встречается в Воронежской, Ростовской областях и в Краснодарском крае — то есть в тех регионах, откуда было удобно добираться до Дуная или где жили потомки запорожских и донских казаков.

В отличие от более частых фамилий вроде Дунаев (от реки Дунай), Дунаков — это не топонимическая форма, а именно прозвищная. В этом её отличие: если Дунаев мог получить человек, живший у реки, то Дунаков — тот, кого называли Дунаком, возможно, за связь с тем краем. Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, разошедшихся по России в последние столетия.