Фамилия Дунакаев вряд ли связана с рекой Дунай, как может показаться на первый взгляд. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, распространённая у народов Северного Кавказа. Её основа — мужское имя Дунакай (или Дуннакай), которое состоит из двух частей: «дун» (мир, вселенная) и аффикса «-кай», который в тюркских и кавказских языках часто образует уменьшительно-ласкательные или просто именные формы. Таким образом, имя Дунакай можно перевести как «мой мирок», «мой свет» или «вселенная», что звучало как ласковое прозвище для ребёнка.

Суффикс «-ев» в окончании указывает на русскую модель оформления фамилий, которая пришла на Кавказ в XIX–XX веках вместе с делопроизводством Российской империи. Местные фамилии часто русифицировали, добавляя типовые окончания -ов/-ев. Получается, что Дунакаев — это «сын Дунакая» или «из рода Дунакая». Аналогичные по структуре фамилии встречаются у чеченцев, ингушей и кумыков: Дунаев, Дунакаев, Дункаев.

Споров вокруг происхождения почти нет — версия с тюркским именем считается основной. Альтернативные гипотезы, например, связь с арабским «дунйа» (мир, земная жизнь), лишь подтверждают ту же смысловую линию, меняя только языковой источник. Редкость фамилии говорит о том, что её носители, скорее всего, происходят из одного родового гнезда — вероятно, из горных районов Чечни или Дагестана, где подобные имена были в ходу вплоть до середины прошлого века.