Фамилия Дураченко образована от мирского имени Дурач. В древнерусской традиции такие имена не несли оскорбительного смысла, а выполняли охранительную функцию. Родители нарекали ребёнка Дурачем в надежде, что злые духи не позарятся на «плохого» и «глупого» мальчика, а настоящий, любимый ребёнок вырастет здоровым, красивым и умным. Значение исходного слова — «дурной», «плохой», «некрасивый», «глупый» — работало как оберег.

Модель фамилии указывает на её украинское или белорусское происхождение. Суффикс -енко типичен для восточнославянских фамилий, особенно распространённых на территории современной Украины. Он означает «маленький», «сын» или «потомок»: Дураченко буквально — «сын Дурача» или «потомок Дурача». Такая форма образования фамилий стала массовой в XVI–XVII веках, когда прозвища и мирские имена закреплялись за родом.

О том, что именование Дурач и ему подобные были популярны в старину, свидетельствует довольно большое количество однокоренных русских фамилий: Дурнев, Дураков, Дурасов, Дураев, Дурнин, Дурнов, Дуров, Дурылин, Дурыгин, Дурындин, Дурышкин, Дурновцев, Дуринов и другие. Все они восходят к той же древней практике охранительных имён, но различаются по суффиксам и региональному бытованию. Дураченко среди них выделяется именно формой на -енко, что сразу указывает на южнорусские или украинские корни рода.

Географически фамилия Дураченко чаще всего встречается в южных и центральных областях России, а также на востоке Украины. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались преимущественно среди крестьян и казаков. Сословной элиты среди Дураченко не было — это фамилия простых людей, чьи предки носили мирское имя Дурач, со временем ставшее родовым.