Фамилия Джакинова — женская форма фамилии Джакинов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа фамилии — личное имя Джаки (или Джака), которое восходит к тюркскому корню «джак» (или «як»), означающему «бок», «сторона», «край». В переносном смысле так могли называть человека, жившего на краю селения, или того, кто держался особняком. Встречается и другая версия: имя Джаки — вариант арабского имени Заки («чистый», «умный»), адаптированный в тюркской среде с характерным чередованием звуков.

Суффикс «-ов» в фамилии Джакинов — классический русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Джаки». Такая модель образования фамилий была широко распространена у народов Поволжья, Северного Кавказа и Средней Азии, оказавшихся в зоне влияния русской административной культуры в XIX–XX веках. Фамилии на «-ов» здесь закреплялись при переписях и оформлении документов, вытесняя более старые родовые имена.

Географически фамилия Джакинова чаще всего встречается у татар, башкир и казахов. В татарской ономастике известны фамилии на «-ов» с основой Джаки: они фиксируются в Закамском регионе Татарстана и в Башкортостане. В казахской среде фамилия Джакинов (Джакинова) могла возникнуть от имени Жақи (Жақы), где корень «жақ» — «сторона» или «щека», что добавляет ещё один оттенок значения: «румяный», «крепкий».

Редкость фамилии в том, что она сочетает в себе тюркскую основу с русским патронимическим суффиксом, но при этом не имеет широко распространённых однокоренных вариантов, как, например, Джаков или Джакин. Это говорит о локальном бытовании: носители фамилии, скорее всего, происходят из одной или нескольких соседних деревень, где имя Джаки было употребительно, но не стало массовым. Социальный контекст — крестьянская или ремесленная среда, где фамилии закрепились поздно, в конце XIX — начале XX века.