Фамилия Джантуханов — редкий случай, когда основа фамилии не просто прозвище, а полноценное составное имя. Она образована от тюркского мужского имени Джантухан (варианты — Джантуган, Джантуганов), которое состоит из двух корней: «джан» (душа, жизнь) и «тухан» (рождённый, родной). Буквально — «рождённый для души», «родной, как душа» или «душа семьи». В тюркской антропонимике такие двухосновные имена с компонентом «джан» (жан, ян) были распространены у кумыков, ногайцев, карачаевцев, балкарцев и части азербайджанцев. Фамилия Джантуханов — это патроним на -ов, то есть «сын Джантухана».

Интересно, что суффикс -ов здесь не русский по происхождению, а адаптированный при русификации фамилий в XIX–XX веках. В исходной тюркской форме фамилия могла звучать как Джантуханлы (указывая на принадлежность к роду) или Джантуханов прямо на месте. Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу, особенно к Дагестану и Чечне, где распространены кумыкские и ногайские роды. Встречается также у азербайджанцев и туркмен, но реже.

В отличие от многих фамилий на -ов, у Джантуханова нет крестьянского или ремесленного корня — это чисто именная фамилия, образованная от личного имени, которое давали с пожеланием счастья и долгой жизни. Двойной компонент «джан-тухан» встречается нечасто: обычно «джан» соединяется с простыми словами (Джанмирзоев, Джанбеков), а «тухан» в основе фамилий почти не фиксируется. Это делает Джантуханова не просто фамилией, а маркером конкретной родовой традиции, где имя ребёнка составляли из двух значимых корней, а не брали готовое арабское или персидское.

Спорных версий происхождения нет: корень прозрачен, а попытки связать фамилию с кавказским тухуном (родом) или турецким «тухан» (сокол) лингвистически слабы — в основе лежит именно имя, а не прозвище. Носители фамилии — в основном потомки тюркоязычных народов Кавказа, и в документах XIX века она могла писаться через «хъ» или «гъ» (Джантухъанов), но после стандартизации закрепилась современная форма.