Фамилия Джавакян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной суффиксом -ян. Этот суффикс восходит к древнеармянскому -янц, что означало «из рода такого-то» или «принадлежащий к дому». В русской транскрипции он закрепился как -ян или -янц. Таким образом, Джавакян — это указание на происхождение от предка по имени или прозвищу Джавак.

Основа фамилии — «джавак». В армянском языке слово «джавак» имеет несколько значений. Чаще всего его связывают со словом «джав» (Ջավ) — так в диалектах называли ячмень, или с понятием «джавахк» — исторической областью Джавахетия (ныне часть Грузии). В первом случае прозвище Джавак мог получить человек, занимавшийся выращиванием ячменя или торговавший им. Во втором — фамилия указывает на географическое происхождение: предок был выходцем из региона Джавахетия, который в армянской традиции называют Джавахк. Эта версия выглядит более убедительной, поскольку топонимические фамилии с суффиксом -ян в Армении чрезвычайно распространены: человек, переселившийся из какой-то местности, получал прозвище по её названию, которое затем закреплялось за его потомками.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «джавак» (говорун, болтун) — в случае, если фамилия возникла в среде армян, долгое время живших в тюркоязычном окружении. Однако армянская ономастика (работы С. Аветисяна, Т. Аракеляна) склоняется к первой, автохтонной версии.

Фамилия Джавакян — не самая массовая, но встречается как в Армении, так и в армянских диаспорах России, Грузии и США. В Российской империи носители фамилии фиксировались в Тифлисской и Эриванской губерниях. В современной России Джавакяны чаще всего живут в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень «джавак» + патронимический суффикс -ян. Ударение в русском языке обычно падает на последний слог: Джавакя́н, хотя в армянском произношении оно может смещаться на второй слог.