Фамилия Джаватян — армянская, и это сразу видно по её форманту. Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — главный маркер армянских фамилий, образованных по модели притяжательности: «из рода такого-то» или «принадлежащий такому-то». В русской традиции ударение обычно падает на последний слог: Джаватя́н.

Основа фамилии — «джават» (арм. ջավատ). Это слово восходит к тюркскому «джават» (или «джавад»), что означает «щедрый», «великодушный». В армянском языке оно закрепилось как личное имя Джават, которое и стало производящей основой. Таким образом, Джаватян — буквально «потомок Джавата». Встречается и вариант Джавадян, с тем же корнем, но через арабскую огласовку имени.

Интересно, что имя Джават — не исконно армянское, а заимствованное в эпоху тесных контактов с тюркским и персидским миром. В армянскую ономастику оно вошло вместе с мусульманскими именами, которые давали детям в смешанных семьях или в регионах с сильным влиянием ислама. Поэтому фамилия Джаватян чаще встречается среди армян, исторически живших в Западной Армении (на территории современной Турции) или в южных областях — Васпуракане, Сюнике, а также среди армянской диаспоры, вышедшей из этих регионов.

В русском языке фамилия склоняется по правилам мужского рода: Джаватян, Джаватяна, Джаватяну и так далее. Женский вариант не склоняется. Встречаются ошибочные написания через «о» (Джоватян) или с одним «т» (Джаваян), но нормативное написание — с двумя «т» и через «я».