Фамилия Дзюбин образована от прозвища или мирского имени Дзюба. В её основе лежит слово, которое в украинском языке имеет несколько значений. Глагол «дзюбати» означает и «копать», и «клевать». Поэтому Дзюбой могли прозвать крестьянина-земледельца, который перебрался в город, — это одна из версий. Другая, бытовая: так называли человека, который ест мало, «клюёт» еду.

Но есть и более прямая версия. В тех же говорах «дзюба» — это человек со следами оспы на лице, рябой. Прозвище могли дать после болезни, и оно закреплялось за человеком как основное именование.

Третья версия связана с народной традицией «охранительных» имён. Чтобы уберечь ребёнка от злых сил, родители могли наречь его Дзюбой — то есть назвать некрасивым, рябым, надеясь, что мальчик вырастет здоровым и красивым. В этом случае имя давалось не по реальному признаку, а как оберег.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Дзюбин — это «сын Дзюбы» или «человек из рода Дзюбы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а. Фамилия встречается преимущественно в южнорусских и украинских регионах, что подтверждает её корни в диалектной лексике.