Фамилия Дзюбко образована от прозвища Дзюба, а её суффикс -к- указывает на украинское или южнорусское происхождение: в этой модели -ко (в исходной форме Дзюбко — это именительный падеж) служит уменьшительным или патронимическим показателем, то есть «маленький Дзюба» или «сын Дзюбы».

Сам корень спорный. Первая версия отсылает к украинскому глаголу «дзюбати» с двумя значениями: «копать» и «клевать». Если верить первой трактовке, Дзюбой могли прозвать крестьянина-земледельца, который перебрался в город и зарабатывал на жизнь лопатой — копал огороды, колодцы или могилы. Если верить второй — человека язвительного, колкого, который «клевал» словами, то есть насмешника или спорщика.

Вторая гипотеза связывает прозвище со словом «дзюба» — «человек с оспинами на лице». Следы-пестринки на коже оставались после перенесённой натуральной оспы — болезни, которая до XIX века косила Европу и оставляла выживших обезображенными. В этом случае прозвище было чисто внешним, без обидного оттенка: так просто отмечали характерную примету, чтобы отличать одного человека от другого в деревне.

Какая версия правдоподобнее? Обе рабочие, но вторая проще и встречается чаще в ономастике: прозвища по следам болезней — «Рябой», «Щербатый», «Дзюба» — типичны для восточнославянских фамилий. Однако глагольная версия тоже имеет право на существование, особенно если учесть, что в говорах «дзюбати» могло означать ещё и «долбить», «стучать» — это даёт третью, бытовую трактовку: прозвище для плотника или столяра.

Фамилия Дзюбко зафиксирована на Кубани. В Сведениях ГУВД Краснодарского края указаны несколько носителей из станицы Красноармейской: Дзюбко Александр Тимофеевич (1916 г. р.), Дзюбко Владимир Тимофеевич (1919 г. р.) и Дзюбко Фекла Анисимовна (1890 г. р.). Это говорит о том, что к началу XX века фамилия уже прочно обосновалась в казачьих станицах, куда украинские переселенцы принесли свою модель образования фамилий на -ко.

Интересная деталь: в украинской традиции фамилии на -ко обычно не склоняются в мужском роде в бытовой речи (Дзюбко пришёл), но в официальных документах их часто русифицировали, добавляя окончание -а (Дзюбка). На Кубани, где смешались украинский и русский языки, такие колебания в написании встречались, хотя форма Дзюбко в исходном виде сохранилась устойчиво.