Фамилия Еболаев — редкая и звучит непривычно для русского уха, что сразу настораживает. Однако её значение лежит в плоскости обычной русской ономастики, и ничего общего с болезнью или чем-то негативным она не имеет. Основа фамилии — прозвище или диалектное слово, которое со временем изменило своё звучание или было переосмыслено.

Скорее всего, в основе лежит слово «ебола» или «еболда» — в северных и сибирских говорах так могли называть непоседливого, суетливого человека, егозу. Глагол «еболать» в некоторых диалектах означал «болтать, молоть языком, говорить бестолково». Таким образом, прозвище Ебола получал говорун или тот, кто постоянно вертится, не стоит на месте. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Еболаев — сын Еболы. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках есть слово «ебул» (производное от «ибн» — сын) или «ебалак» (летучая мышь, а также прозвище некрасивого человека). Если предки фамилии были из поволжских татар или башкир, фамилия могла возникнуть от мусульманского имени Ебула (вариант Абдулла), но тогда суффикс -ев указывал бы на обрусение. Однако для центральных и южных областей России эта версия менее характерна: Еболаев — фамилия, встречающаяся в основном на Русском Севере и в Сибири, что подтверждает первую, диалектную гипотезу.

Фамилия не относится к дворянским или старым боярским родам. Её носители — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших прозвище за характер. В документах XVII-XVIII веков в Вологодской и Архангельской губерниях фиксируются крестьяне с прозвищем Ебола и фамилией Еболаевы. Сегодня фамилия крайне редка, её можно встретить в Забайкалье и на Урале, куда переселялись северяне. В написании путают с «Эболаев» или «Ебалаев», но исторически верная форма сохраняет «о» в корне.