Фамилия Ефлатова — женская форма, мужской вариант — Ефлатов. В её основе лежит имя или прозвище, которое почти наверняка связано с греческим именем Ефлатий. Это имя встречается в православных святцах, хотя и редко; его носителем был, например, мученик Ефлатий, пострадавший за веру в IV веке. В просторечии имя Ефлатий могло сокращаться до Ефлат, от которого и пошла фамилия через стандартный патронимический суффикс -ов.

Однако есть и альтернативная версия. В южнорусских и украинских говорах слово «ефлат» или «ефлатый» могло быть искажённым вариантом слова «ефрейтор» — низшего воинского чина. Если предок получил прозвище Ефлат за службу или за внешнее сходство с ефрейтором, фамилия могла сложиться из прозвищной, а не из крестильной основы. Эта гипотеза менее популярна, но имеет право на существование: в XIX веке солдатские прозвища нередко переходили в фамилии, особенно в среде бывших военных поселян.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась в центральной или северной части России, где преобладала эта модель, а не -ин или -ский. Географически фамилия Ефлатов встречается рассеянно: отдельные носители зафиксированы в Поволжье, на Урале и в Сибири, но нигде не образует плотных гнёзд. Это говорит о том, что родоначальник не был привязан к одному региону — возможно, он был переселенцем или служилым человеком.

Словообразовательная модель проста: основа Ефлат- плюс суффикс принадлежности -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Ефла́тов, хотя в некоторых говорах могли ставить на первый. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться через «ять» или с двойным «т» — Ефлатовъ, но это лишь орфографическая особенность.

Таким образом, Ефлатовы — потомки либо человека по имени Ефлатий (редкое церковное имя), либо обладателя прозвища Ефлат, связанного с военной службой. Первая версия надёжнее, так как опирается на документальную ономастику, но вторая не исключена в отдельных родах.