Фамилия Ефлаев — редкий случай, когда за привычным окончанием -ев скрывается неканоническое имя, а не усечённая форма крестильного. В основе почти наверняка лежит тюркское имя Ефлай (варианты — Яфлай, Ифлай), которое встречается у татар, башкир и чувашей. Значение этого имени до конца не прояснено, но по одной из версий оно восходит к арабскому «афла» — «превосходный», «выдающийся». Слабость этой гипотезы в том, что прямой арабский корень в Поволжье давал другие формы (Афлатун, Афлятун), а Ефлай скорее выглядит как местное адаптированное прозвище, возможно, от тюркского «яфлау» — «совать», «втыкать», что могло относиться к настойчивому человеку.

Модель образования проста: к основе Ефлай добавили русский патронимический суффикс -ев, превратив имя отца в фамилию сына. Обычно такие фамилии закреплялись за крещёными татарами или чувашами в XVI–XVII веках, когда шла массовая христианизация, и старые имена вписывали в документы вместе с новым крестильным. То есть предок Ефлаевых, скорее всего, был не русским по происхождению, а принял православие и получил фамилию по мирскому имени Ефлай, которое в быту продолжали использовать.

Географически фамилия тяготеет к Среднему Поволжью: встречается в Чувашии, Татарстане, Нижегородской области и на юго-востоке Кировской. За пределами этого региона Ефлаевы редки, что подтверждает локальный характер исходного имени. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с середины XVIII века, в основном среди государственных крестьян — бывших ясачных людей, плативших подать пушниной или деньгами.

Стоит отметить, что написание через «е» (Ефлаев) — не единственное. В старых записях встречаются варианты Яфлаев, Ифлаев, а иногда и Ефланов — из-за смешения суффиксов -ев и -ов в устной речи. Но современная форма закрепилась именно с начальным «Е», что окончательно оторвало фамилию от тюркского звучания оригинала.