Фамилия Еистифеев — один из вариантов написания старинной русской фамилии, образованной от крестильного имени. Её основа — редкая для современного слуха форма Еистифей, которая в свою очередь является народной переделкой канонического имени Евстигней (в церковной традиции — Евстигний). Имя это греческого происхождения и переводится как «добрый знак» или «благой вестник». В разговорной речи имя, как водится, упрощали: долгое и непривычное «Евстигней» превращалось в более удобные для произношения Евстифей, Естифей и, наконец, Еистифей. Именно от этой формы с начальным «Еи-» и пошла фамилия.

Суффикс -ев указывает на типичную модель образования русских фамилий: Еистифеев означает «сын Еистифея». Это фамилия из разряда патронимических, то есть созданная от имени отца. Такие фамилии в основной массе принадлежали крестьянам и посадским людям, у которых вплоть до XIX века не было наследственных родовых прозваний, а использовалось отчество в качестве «уличной» фамилии.

Особенность фамилии Еистифеев — её орфографическая неустойчивость. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века можно встретить варианты: Евстифеев, Естифеев, Естифеев, а иногда и Истифеев. Такая путаница объясняется тем, что в устной речи начальный звук «е» был слабым, и писарь записывал фамилию на слух. Вариант с начальным «Еи-» — один из самых редких, что делает фамилию заметной в документах: носителей с таким написанием в исторических архивах немного, и это может помочь в поиске конкретной ветви рода.

Есть и вторая, менее вероятная версия происхождения. Ономасты допускают, что в некоторых говорах «Еистифеев» могло возникнуть от прозвища Еистифей, которое давали человеку с «истинным», то есть честным и правдивым нравом. Однако эта гипотеза слабее: слишком сильна традиция образования фамилий от полных крестильных имён, и слишком редка модель, при которой прозвище строилось бы на основе слова «истина» в такой специфической огласовке. Версия с именем Евстигней остаётся основной и наиболее правдоподобной.