Фамилия Экель — один из тех случаев, когда русская фамилия звучит как иностранная, но при этом имеет немецкие корни. Она образована от личного имени или прозвища, а не от географического названия, что сразу отсекает часть популярных, но неверных догадок.

В основе фамилии лежит немецкое слово Ekel (или его диалектные варианты). В современном немецком это слово означает «отвращение», «гадливость», но в средние века и в диалектах оно имело иное значение — «задира», «забияка», «скандалист». Так могли прозвать человека с неуживчивым, вздорным характером. Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с баварским или австрийским диалектным Eckel — «жёлудь», что могло стать прозвищем для крепкого, коренастого человека. Ономастический словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к группе прозвищ по чертам характера, что делает первую версию более правдоподобной.

Модель образования фамилии проста: это чистая основа прозвища без суффиксов. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, -ев или -ин, фамилия Экель не прошла через типичную русскую адаптацию с добавлением патронимического суффикса. Это указывает на то, что носители фамилии, скорее всего, были немцами-колонистами, переселившимися в Российскую империю в XVIII–XIX веках, или их потомками. Фамилия осталась в исходной немецкой форме, без русификации, что характерно для поздних переселенцев, которые долго сохраняли языковую обособленность.

Географически фамилия Экель в России встречается преимущественно в Поволжье (бывшая колония немцев) и в южных регионах — Оренбургской, Ростовской областях, Краснодарском крае. Встречается она и в странах Балтии, куда немецкие фамилии проникали вместе с остзейским дворянством и горожанами. В самой Германии фамилия Ekel (Eckel) распространена в Баварии и Баден-Вюртемберге.

Сословная принадлежность предков могла быть разной. Среди носителей фамилии Экель были и крестьяне-колонисты, и ремесленники, и немногочисленные представители обедневшего дворянства. Никаких выдающихся исторических личностей с этой фамилией, вошедших в общероссийские энциклопедии, не зафиксировано, что типично для фамилий, распространённых в замкнутых общинах поволжских немцев.