Фамилия Еленушка — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а его ласкательная форма. Другими словами, фамилию дали не по имени Елена, а по тому, как ласково называли девочку или женщину в семье: Еленушка. Это сразу отличает её от распространённых Елениных, Еленовых и Еленских, которые образованы от полной формы имени.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно русские фамилии образуются через суффиксы принадлежности (-ов, -ин) или через суффиксы, указывающие на место или происхождение (-ский). Фамилия Еленушка — это застывшее в родительном падеже прозвище или, что вероятнее, внутрисемейное обращение, которое стало фамилией целиком. По сути, предка могли звать просто «Еленушка» — и так записали в документы, минуя привычные суффиксы.

Такое явление — фамилии без суффикса, в виде чистого имени или прозвища — встречается в основном на севере и северо-востоке России, в бывших новгородских землях, а также в Сибири, куда переселенцы приносили свои говоры. В центральных и южных губерниях фамилию могли бы «оформить» как Еленушкин. Поэтому носители фамилии Еленушка, скорее всего, имеют корни в северных регионах или в среде старообрядцев, где сохранялись архаичные формы именования.

Поскольку фамилия образована от женского имени, она могла принадлежать внебрачному ребёнку, которого записали по матери (Елене), или человеку, жившему в доме у Елены и получившему прозвище по хозяйке. Но самый прямой и правдоподобный вариант: прозвище Еленушка дали мужчине — за мягкий нрав, заботливость или в насмешку. В русской традиции мужские прозвища от женских имён не редкость (вспомним Марью, Дарью, Аннушку), и они часто закреплялись как фамилии без изменений.

Фамилия крайне редкая. В современных телефонных справочниках и базах данных она встречается единично, в основном на Урале и в Западной Сибири. Это говорит о том, что род не был многочисленным, а фамилия не подверглась унификации и не «потерялась» в массе Еленкиных и Елениных.