Фамилия Елипенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в восточнославянской ономастике, изначально имел значение «маленький», «сын» или «потомок», то есть указывал на родство по отцу. В данном случае Елипенко — это «сын Елипы», где Елипа, скорее всего, народная, обиходная форма от канонического имени.

В основе фамилии лежит, по всей видимости, крестильное имя Елисей (от древнееврейского Элиша — «Бог спасение»). В украинской и южнорусской среде это имя давало множество производных: Елисейко, Елися, Елипа. Форма Елипа возникла в результате усечения и адаптации имени к местным говорам. Менее вероятна, но теоретически возможна связь с греческим именем Елипий (от «эльпис» — надежда), однако это имя было редким, и его следы в фамилиях почти не прослеживаются.

Географически фамилия Елипенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкасщине — регионам, где суффикс -енко стал основным фамилеобразующим элементом ещё в XVI–XVII веках. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия фиксируется преимущественно среди казацкого и крестьянского сословий, что типично для данной модели: -енко не было дворянским суффиксом, а обозначало «сына» в прямом смысле, без указания на социальный статус.

Прозвищная или профессиональная версия происхождения (например, от «елипа» как искажённого «олипа» или от диалектного глагола) не находит серьёзной поддержки в словарях. Все надёжные данные указывают на имя Елисей как на исходную точку. Таким образом, предок носителя фамилии Елипенко, скорее всего, был человеком по имени Елисей, а его дети и внуки закрепили за собой прозвание «Елипенки», которое со временем и стало родовой фамилией.