Фамилия Елизенцев — редкий случай, когда на слух угадывается основа, но неочевиден её точный источник. Внешне она похожа на притяжательное прилагательное с суффиксом -ев, которое обычно образовывали от имени или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный или на -ец. Однако в данном случае корень, скорее всего, не «Елизен», а «Елизар» или «Елисей» — с характерным для народной речи искажением.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -цев — вариант суффикса -ов/-ев, который присоединяли к основам на -ец. Если бы исходным было имя Елисей, фамилия звучала бы как Елисеев. Если Елизар — как Елизаров. Но здесь мы видим промежуточную форму: Елизен-цев. Наиболее правдоподобное объяснение — это результат перестройки фамилии Елизаров или Елисеев через диалектное произношение. В русских говорах, особенно северных и южных, звук [з] перед мягким согласным мог переходить в [з’] и далее упрощаться, а суффикс -ец давал -енц. То есть от прозвища Елизар (или Елисей) сначала образовалась форма Елизенец — «сын Елизара», а затем от неё — фамилия Елизенцев.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с календарным именем Елисей через форму Елизеня (уменьшительное с суффиксом -еня, как Степан — Степеня). Тогда Елизенцев — «чей?» — «сын Елизени». Но такие параллели встречаются редко, и первое объяснение выглядит надёжнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где были сильны традиции бытовых переделок церковных имён. В дореволюционных метрических книгах Елизенцевы встречаются в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях — именно там распространён тип фамилий на -цев от имён, оканчивающихся на -ец. Сословно это, скорее всего, крестьянство или мещанство: фамилии на -цев редко встречались у дворян, которые предпочитали формы на -ов/-ев без дополнительного суффикса.

Таким образом, Елизенцев — это «испорченная» временем и живой речью фамилия, восходящая к имени Елизар (реже Елисей). Предок носителя, вероятно, был простым человеком, которого в округе звали Елизенец — то есть «Елизаров сын», а потом это прозвание закрепилось за всем родом.