Фамилию Елоевы чаще всего выводят из уменьшительных форм крестильных имён, начинающихся на Ел-: Елисей («спасенный Богом»), Елизар («Бог помог»), Елевферий («свободный») или редкое Елпифидор («несущий надежду»). В быту эти имена сокращали до Еля, Ельша, Елюта, Елуй — от одной из таких форм и могло появиться имя Елой, лёгшее в основу фамилии. Такая модель образования (от канонического имени через домашнее прозвище) — одна из самых распространённых в русской ономастике.

Но есть и другая, нецерковная версия. На многих русских диалектах «елоха» или «елой» — это ольха. Однако в Тверской и Псковской областях тем же словом называли человека пронырливого, хитрого, предприимчивого. Так что прозвище Елоха (или Елой) могло закрепиться за родоначальником по черте характера, а не по имени.

Сложности добавляет тюркский след. В некоторых тюркских языках «ел» значит «племя», и имя Елой могло быть вполне самостоятельным, а не сокращением от христианского. Есть даже гипотеза, связывающая его с древним семитским Элои (Эл) — «бог». Сторонники этой версии указывают на смешанное иранско-семитское происхождение осетин и допускают, что имя могло прийти с Кавказа. В итоге фамилия оказывается на стыке сразу нескольких культурных пластов — славянского, тюркского и, возможно, кавказского, и без серьёзных генеалогических изысканий точно определить, какая из линий верна, сложно.