Фамилия Ельсиновская — редкий пример, где на равных спорят две версии: «растительная» и «именная». Первая ведёт прозвище Ельсиновый от слова «ель»: так могли назвать человека, жившего у елового бора или промышлявшего заготовкой еловой древесины. Вторая — от производной формы крестильного имени Елисей (древнееврейское «спасённый Богом»). В русской народной речи Елисей превращался в Елиса, Ельсю, Ельсюшку, и фамилия легко могла возникнуть из этого уменьшительного имени.

Словообразовательная модель здесь — суффикс -ск- с окончанием -ая, что типично для польско-украинских и западнорусских фамилий (сравните: Ельский, Ельская). Такие фамилии часто указывали на принадлежность к месту или роду, а не на прямое отчество. В случае Ельсиновской суффикс -ин- между корнем и -ск- встречается реже и может значить «относящийся к Ельсину» — то есть к владельцу усадьбы или селения, названного по имени Елься.

Есть и менее вероятные, но возможные варианты основы: имя Елься могло быть сокращением от Елизар («Бог помог»), Елевферий («свободный») или Елпифидор («несущий надежду»). Однако массовых записей этих имён в бытовом обиходе меньше, чем Елисея, поэтому именная версия с Елисеем выглядит убедительнее.

Фамилия записана в женской форме, что не редкость для окончания -ская: носительница могла получить её от мужа или отца, а в документах закрепилась именно так. Встречается преимущественно в западных и северо-западных регионах России, что согласуется с географией фамилий на -ский.