Фамилия Елунин — довольно редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно разобрать словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на «притяжательность»: такую фамилию давали по имени или прозвищу отца. Основа здесь — Елун(я). В русских говорах слово «елун» или «елуня» фиксировалось в двух основных значениях: либо «обжора, ненасытный человек» (от глагола «есть»), либо «неповоротливый, вялый, разиня» (диалектное «елун» — ротозей). Оба значения прозрачно связаны с бытовой характеристикой человека — скорее всего, прозвище дали либо за неуёмный аппетит, либо за медлительность.

Есть и менее очевидная версия. В некоторых регионах (например, на Урале и в Сибири) «елун» могли называть человека, который «еле-еле» ходит, то есть хромает или прихрамывает. Тогда прозвище превращалось в фамилию, фиксирующую физическую особенность. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия Елунин встречается в основном в вятских и пермских архивах — там, где диалектная лексика была особенно богата.

Лингвистическая редкость фамилии в том, что она образована не от церковного имени (как Иванов или Петров), а от чистого прозвища, причём с нестандартным суффиксом. Обычно прозвища на -ун (говорун, молчун) давали по действию или характеру, и фамилия Елунин как раз входит в эту группу, но с неожиданным корнем. Сравните: фамилия Едунов (от «едун» — едок) — тоже редкая, но её происхождение более прямолинейно, а «елун» звучит архаичнее.

Сословная принадлежность предков Елуниных, скорее всего, была крестьянской или посадской. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, в родословных книгах она не упоминается. Это «низовая» фамилия, возникшая в среде, где прозвище могло закрепиться за целым родом, если оно точно описывало кого-то из основателей. В метрических книгах XIX века Елунины встречаются в основном в Вятской губернии, что косвенно подтверждает географическую привязку к северо-востоку Европейской России.