Фамилия Емелюшкин ведет начало от имени Емелюшка — уменьшительно-ласкательной формы церковного мужского имени Емельян. В основе этого имени лежит греческое слово, означающее «льстивый», хотя существует и альтернативная версия, возводящая его к латинскому корню со значением «соперник» или «участник состязаний». Так или иначе, в быту имя Емельян часто сокращали и смягчали, превращая в Емелюшку, — именно эта домашняя форма и закрепилась в фамилии.

С точки зрения словообразовательной модели, Емелюшкин — типичная русская фамилия с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Емелюшкин, то есть сын или потомок Емелюшки. Такая модель была особенно распространена в центральных и северных губерниях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов. Если судить по географии, носители фамилии Емелюшкин исторически концентрировались в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждается данными переписей XIX века — в Казанской и Вятской губерниях эта фамилия встречалась заметно чаще, чем в других регионах.

Любопытно, что у фамилии Емелюшкин есть «двойники» — однокоренные фамилии Емельянов, Емелин, Емелькин. Все они восходят к тому же имени Емельян, но через разные производные формы. Емелюшкин стоит в этом ряду особняком: суффикс -ушк- придает основе ласкательный оттенок, что говорит о теплом, семейном прозвище. Вероятно, предок носителя этой фамилии был младшим в роду или особенно любимым ребенком, которого домашние звали не иначе как Емелюшка.

В сословном отношении фамилия не указывает на дворянское происхождение: в подавляющем большинстве случаев Емелюшкины — это крестьяне или мещане. В документах XVIII–XIX веков они фигурируют как государственные или помещичьи крестьяне, реже — как ремесленники. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что, впрочем, не умаляет её ценности как живого свидетельства народной антропонимии.