Фамилия Емелюшина — женская форма фамилии Емелюшин. В основе лежит простое и распространённое на Руси крестильное имя Емельян (каноническая форма Емилиан, от латинского Aemilianus — «принадлежащий к роду Эмилиев»). В народном произношении это имя дало множество уменьшительных и обиходных вариантов: Емеля, Емельянка, Емелюша. От последнего — Емелюша — и образована фамилия с помощью патронимического суффикса -ин, который в русских фамилиях указывал на принадлежность: «чей?» — сын Емелюши.

Интересна не сама основа, а суффиксальная модель. В русской ономастике фамилии на -ушин (-юшин) встречаются реже, чем на -ин или -ов. Они типичны для северных и центральных областей России, особенно для бывших новгородских и вятских земель. Если фамилия оканчивается на -ушин, это часто говорит о том, что в основе лежало прозвище или имя на -уша (как Емелюша, Петруша, Ванюша). То есть носитель фамилии Емелюшин — потомок человека, которого в быту звали не просто Емеля, а именно Емелюша, что добавляло оттенок ласкательности или указывало на молодость.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «емелюша» могло быть прозвищем не по имени, а по характеру или поведению. В словаре Даля «емеля» — это пустомеля, болтун, а также нерасторопный человек. Форма «емелюша» могла быть производной от этого же корня. Однако, учитывая массовость имени Емельян среди крестьян, церковная версия выглядит убедительнее: фамилия просто указывает на то, что предка звали Емельян, а в семье его называли ласково Емелюшей.

Сословного барьера у фамилии не было. Емелюшины встречались и среди крестьян, и среди мещан. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия фиксируется в Пермской, Вятской и Костромской губерниях — как раз в тех местах, где имя Емельян было особенно популярно, а суффикс -ушин прижился в местной ономастике.