Фамилия Емелюков — редкий случай, когда в основе лежит не полное церковное имя, а его производная форма, причём с необычным суффиксом. Разберёмся по порядку.

Исходное имя — Емелиан (в русском обиходе Емельян). Оно пришло на Русь с крещением и имеет двойную этимологию: греческое «аймилиос» означает «ласковый, приветливый», а латинское «эмулюс» — «соперник, участник состязаний». В быту полное имя сокращали до простого и привычного Емеля. От этой краткой формы и пошла фамилия.

Но здесь важен суффикс. В русской ономастике стандартные модели — Емельянов (от полного имени) и Емелин (от краткого Емеля). Емелюков стоит особняком: суффикс -юк- характерен для украинской и южнорусской традиции, где он указывает на уменьшительно-ласкательное значение или на принадлежность к роду (сравните: Коваль — Ковалюк, Иван — Иванюк). Фамилия Емелюков, скорее всего, прошла двойную обработку: сначала от Емели образовали форму Емелюк (что-то вроде «маленький Емеля» или «сын Емели»), а затем уже к ней добавили русский патронимический суффикс -ов. Получается цепочка: Емеля → Емелюк → Емелюков, то есть «потомок Емелюка».

Географически такая модель тяготеет к юго-западным областям — современным Брянской, Курской, Белгородской землям, а также к Украине. Именно там фамилии на -юк (без -ов) встречаются массово, а их «обрусение» через -ов — типичный процесс для крестьян, переселявшихся в центральные губернии или записанных в ревизские сказки русскими писцами.

Таким образом, носитель фамилии Емелюков — потомок человека, которого в быту звали Емеля, но в его роду закрепилась уменьшительная форма Емелюк, что говорит о южнорусских или малороссийских корнях предков.