Фамилия Емелюковы (в форме единственного числа — Емелюков) происходит от производной формы крестильного имени Емелиан. В русском обиходе это имя закрепилось как Емельян, а в повседневной речи использовали краткий вариант — Емеля. Именно он и лёг в основу фамилии.

Значение имени Емелиан двоякое. По одной версии, оно восходит к греческому слову со значением «ласковый», по другой — к латинскому, где означало «соперник» или «участник состязаний». Какая из этих версий верна для конкретного предка, сказать трудно, но обе возможны. Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Емелюк» (народная форма от Емеля с суффиксом -юк, который часто встречается в западных и южных русских говорах) добавили патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Емелюка».

По сути, фамилия Емелюков — это «сын Емели», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно-ласкательным именем Емеля. Такая модель образования фамилий — одна из самых массовых в России, и она не даёт точной привязки к сословию: Емелюковыми могли быть и крестьяне, и мещане, и служилые люди. Точное место и время возникновения фамилии установить сложно из-за длительности процесса формирования русских фамилий, но её основа — имя, популярное в разных слоях общества на протяжении нескольких столетий.