Фамилия Емелюшкины — одна из тех, что хранят память о давно забытых личных именах. В её основе лежит не полное церковное имя, а его домашняя, обиходная форма — Емелюшка. Так на Руси ласково или попросту называли человека, носившего полное имя Емельян. Само имя Емельян пришло в русский язык из греческого, где означало «льстивый», хотя есть и версия о латинском корне со значением «соперник» или «участник состязаний».

При образовании фамилии сработала простая и распространённая модель: к основе Емелюшк- добавили суффикс принадлежности -ин, который в русском языке отвечает на вопрос «чей?». Емелюшкин — буквально «сын Емелюшки», то есть потомок того самого Емельяна, которого в быту звали уменьшительно-ласкательно. Интересно, что суффикс -ин в таких фамилиях обычно указывает на прямое родство, в отличие от -ов, который мог обозначать принадлежность к роду или хозяйству.

Судя по окончанию множественного числа, ваша фамилия закрепилась в форме «Емелюшкины» — так обычно называли всю семью, весь род целиком. В документах и бытовой речи дореволюционной России такая форма часто использовалась, когда говорили о семействе: «поехали к Емелюшкиным», «дом Емелюшкиных». Со временем эта форма могла стать официальной фамилией для всех членов рода.

Точно определить, где именно впервые появились Емелюшкины, сейчас сложно — процесс становления фамилий был долгим и шёл в разных регионах неодинаково. Однако можно предположить, что корни фамилии лежат в центральных или северных губерниях России, где форма имени Емелюшка была особенно употребительна. Среди однокоренных фамилий того же ряда — Емельяновы, Емелькины, Емелины — ваша выделяется именно этим редким суффиксом -ушк-, который придаёт фамилии оттенок теплоты и старинного бытового уклада.