Фамилия Енакиева — женская форма фамилии Енакиев, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Енакий. В основе лежит каноническое имя Иоанн (в русской традиции — Иван), но через его уменьшительные и диалектные варианты. В южнорусских и украинских говорах форма Енакий могла возникнуть из «Иоанникий» (греческое имя, означающее «победитель») или из «Иоанн» через промежуточные ступени: Иван → Иванка → Енка → Енакий. Такая цепочка характерна для зон активного аканья и смягчения начальных гласных.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Енакиев — «сын Енакия», «из рода Енакия». Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVIII веков, особенно в среде служилых людей и казачества. Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — Дон, Кубань, Слобожанщина. Именно там имя Енакий фиксируется в документах XVII века: в реестрах запорожских казаков и переписных книгах Белгородского полка.

Версия о связи с городом Енакиево (основан в XIX веке как Енакиево в честь инженера Фёдора Енакиева) — вторична. Фамилия Енакиев старше самого города, и её носители могли дать название населённому пункту, а не наоборот. Маловероятно и происхождение от тюркского корня: хотя «яна» по-татарски значит «новый», суффикс -ий в русской адаптации нехарактерен для тюркских заимствований в фамилиях.

Таким образом, предки Енакиевых — скорее всего, люди из южнорусского простонародья: казаки, однодворцы или крестьяне, носившие имя Енакий. Фамилия редкая, не получившая широкого распространения, что говорит о её локальном бытовании в пределах одной-двух губерний.