Мужское крестильное имя Иоанникий в переводе с греческого «никэ» означает «победа». В основу фамилии легла производная форма имени — Енакий (Иоанникий < Аникий < Енакий). В истории известен дворянский род Енакиевых. Одним из его представителем является Енакиев Федор Егорович (1852-1915) — предприниматель, крупный донецкий промышленник. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Енакий, со временем получил фамилию Енакиев.