Фамилия Енины (в мужском варианте — Енин) образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе личного имени или прозвища добавлялся суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Ени). Таким образом, родоначальника Ениных звали Еня.

Спор о происхождении имени Еня ведётся между двумя версиями. Первая, более традиционная, возводит его к просторечной форме канонического имени Евникиан. Это греческое имя означает «добропорядочный». В таком случае фамилия Енин — потомок человека, которого в быту называли полным именем, но в семье и среди соседей — сокращённо Еня.

Вторая версия, которую поддерживают многие современные ономатологи (в частности, работы В. А. Никонова), видит в основе не церковное, а древнее мирское имя. Еня — это краткая форма славянских имён, начинающихся на Ен-: Енога, Енота, Енька. Эти имена были широко распространены в Новгородских и Псковских землях в XV–XVI веках и не имели отношения к христианским святцам. Если принять эту версию, фамилия Енины оказывается старше, чем принято считать, и восходит к дохристианской славянской традиции именования.

Какой бы вариант ни был верным, модель образования фамилии одна: суффикс -ин указывает, что речь идёт о потомке человека по имени или прозвищу Еня. Географически фамилия чаще всего встречается в центральных и северо-западных областях России, что косвенно подтверждает новгородское происхождение второй версии.

Фамилия Енин — не редкая, но и не массовая. Она не связана с каким-то одним сословием: Енины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и среди купцов. В документах XVII века упоминаются, например, посадские люди Енины в Вологде и крестьяне Енины в Арзамасском уезде. Это говорит о том, что фамилия сложилась довольно рано и успела распространиться по разным слоям общества.

В современном русском языке фамилия склоняется по правилам притяжательных прилагательных: Енин, Енина, Енины. Вариант с ударением на первый слог (Е́нин) считается литературной нормой, хотя в некоторых говорах можно услышать и ударение на второй слог (Ени́н).