Фамилия Елин — одна из тех, что возникли из повседневного сокращения церковного имени. В её основе лежит краткая форма Еля, которую в быту использовали вместо полных крестильных имён: Елисей (с древнееврейского — «спасённый Богом»), Елизар («Бог помог»), Елевферий (греческое «свободный») или Елпидифор («несущий надежду»). Выбрать одно из них без родословной записи невозможно: все они давали одинаковое уменьшительное Еля.

Модель образования простая и типичная для русских фамилий: к основе Ел- добавили суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — «сын Ели» или «человек из рода Ели». Такой способ (суффикс -ин) в русской ономастике характерен для имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я: Еля → Елин, как Кузьма → Кузьмин или Фома → Фомин.

Интересно, что при всей прозрачности корня фамилия Елин не привязана к одной местности. Она встречается и в центральных областях России, и на севере, и в Поволжье — это говорит о том, что имя Еля было распространено повсеместно, а не было узкорегиональным прозвищем. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно встретить крестьян и посадских людей с этим именем, но документально подтвердить, когда именно появилась фамилия, сложно: процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий и завершился в разных слоях общества в разное время.

Не стоит путать фамилию Елин с омонимичным топонимическим вариантом: в некоторых случаях она могла возникнуть от названия села Елино или Елы — такие случаи единичны и, как правило, относятся к более позднему времени, когда фамилии давали по месту жительства. Основная же масса носителей фамилии Елин ведёт род от человека, которого в быту звали просто Еля.