Фамилия Епрынцев — это фонетический вариант более распространённой фамилии Япрынцев. Перемена начального «я» на «е» произошла из-за аканья: в безударной позиции звуки стали произноситься одинаково, а позже это отразилось и на письме. Поэтому этимологически обе фамилии восходят к одному корню.

В основе лежит прозвище Япрынец. В некоторых говорах так называли мелкую рыбу, похожую на уклейку или пескаря. Отсюда первая версия: предок носителя фамилии занимался рыболовством, и прозвище закрепилось за ним по роду занятий. Вторая версия — прозвище могли дать человеку невысокого роста, в насмешку сравнив его с мелкой рыбёшкой. Обе версии правдоподобны, но первая (профессиональная) встречается в ономастике чаще: многие русские фамилии образованы именно от названий рыбы, особенно в регионах с развитым рыбным промыслом.

Словообразовательная модель типична: суффикс -ец указывал на носителя признака (Япрынец — тот, кто связан с япрой), а суффикс -ев прибавлялся при образовании фамилии, отвечая на вопрос «чей?» (чей сын? — Япрынцев). Таким образом, Епрынцев — это «потомок человека по прозвищу Япрынец».

Фамилия редкая, что указывает на локальное бытование. Скорее всего, она сложилась в северных или центральных говорах, где слово «япра» (или «япрынец») было в ходу. В письменных источниках фамилия не фиксируется в дворянских родословных — это крестьянская или мещанская фамилия, образованная в среде простых людей.