Фамилия Епрынцев — один из тех случаев, когда написание через «Е» скрывает исходную форму. Это фонетический вариант фамилии Япрынцев: на слух «я» и «е» после шипящих или в безударной позиции могли звучать одинаково, а при записи в документах закрепился тот вариант, который услышал писарь.

Основа фамилии — прозвище Япрынец. В северных и центральных говорах так называли мелкую рыбу, чаще всего уклейку или пескаря. Отсюда и две равновероятные версии происхождения. Первая — профессиональная: предок был рыбаком, и промысел дал ему прозвище по добыче. Вторая — по внешности: так могли прозвать человека невысокого роста, щуплого или юркого, по аналогии с мелкой рыбёшкой.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ец образовывал названия лиц по характерному признаку (ср. купец, молодец, гостинец), а затем к основе Япрынец добавился патронимический суффикс -ев, типичный для русских фамилий. Получилось «чей?» — Япрынцев, а в разговорном произношении — Епрынцев.

О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно: процесс закрепления фамилий у крестьян и посадских людей растянулся до середины XIX века. Но сама фамилия — живой след народной наблюдательности, когда прозвище могло замениться на фамилию и остаться в документах в неожиданном написании.