Фамилия Еремакин по своему происхождению — типичная «патронимическая» фамилия: она указывает на отца или прямого предка по мужской линии. В основе лежит крестильное имя Иеремия (в переводе с древнееврейского — «возвышенный Богом»), которое в обиходной речи сократили до простой формы Ерема. От этого имени и образовали фамилию: сначала, вероятно, на территории Украины или Белоруссии — об этом говорит суффикс -ак, характерный для западнорусских земель (Еремак). А когда носители прозвища или родового имени Еремак переселились в великорусские области, фамилию «обрусили», добавив типичный русский суффикс принадлежности -ин. Так Еремак превратился в Еремакина — «чей?» — сын или потомок Еремака.

Словообразовательная модель здесь не совсем стандартная. Обычно фамилии на -ин образуют от основ, оканчивающихся на -а/-я (Ерема → Еремин). Но в нашем случае промежуточная форма Еремак дала основу на твёрдый согласный, и тогда по правилам русского языка должен был появиться суффикс -ов (Еремаков). Однако фамилия закрепилась именно как Еремакин — это редкий случай, когда народная этимология или влияние говоров пересилили строгую грамматику. Либо изначально существовала форма Еремака (с ударением на второй слог), и тогда фамилия пошла от неё: Еремака → Еремакин.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно. Процесс формирования фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий, и документальные записи по Еремакиным нечасты. Однако сам факт двойной обработки — сначала украинско-белорусским суффиксом -ак, потом русским -ин — говорит о миграции рода с запада на восток, что было типично для XVI–XVIII веков.

Фамилия Еремакин — не массовая, но устойчивая. Встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири, куда переселенцы уходили в поисках земли. Среди однокоренных — Еремин, Ерёмин, Ерёмкин, Еремака, Еремаков. Но именно форма Еремакин сохранила в себе «двойную» историю: и древнееврейское имя библейского пророка, и диалектные черты двух славянских традиций.