Фамилия Ермачкова в своей основе восходит к мужскому имени Ермак, которое в русской традиции было широко распространено задолго до того, как его прославил покоритель Сибири. Конкретная форма — Ермачков — образована с помощью уменьшительного суффикса -ок. Это значит, что Ермачком называли не самого взрослого мужчину, а его сына или младшего родственника: «маленький Ермак» или «сын Ермака». Такая модель типична для русских фамилий, которые закрепляли за семьей прозвище младшего поколения.

Сам корень Ермак — это сокращенная домашняя форма от целого ряда крестильных имен. Чаще всего его связывают с именем Ермолай (в переводе с греческого — «вестник народа»). Однако по звучанию и бытовому употреблению к нему же могли свести Германа («родной, близкий»), Ермия («принадлежащий Гермесу»), Ермила («из гермесовой рощи»), Гермогена («из рода Гермеса») и даже библейского Иеремию («вознесенный Богом»). В крестьянской и посадской среде XVI–XVII веков такие сокращения были обычным делом: полное имя в обиходе почти не использовали, а заменяли удобным для произношения вариантом.

Есть и другая, бытовая версия происхождения, без связи с церковным календарем. В русских говорах ермаком называли небольшой ручной жернов для помола зерна. Прозвище Ермак в этом случае получал человек, занятый помолом муки, — мельник или работник на мельнице. Такая версия выглядит правдоподобной, особенно если учесть, что основатель рода Ермачковых, судя по суффиксу фамилии, принадлежал к простому сословию: фамилии на -ов/-ев и -ин чаще всего закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, а не за дворянами.

Таким образом, фамилия Ермачкова имеет двойную основу: либо это «сын Ермака», где Ермак — краткая форма от Ермолая или другого крестильного имени, либо потомок мельника, прозванного по орудию труда. Обе версии ведут в одну и ту же социальную среду — к людям, которые жили сельским трудом и чьи имена записывали со слов соседей, а не по церковным метрикам.