Фамилия Ермишкина образована от крестильного имени Ермолай. В переводе с греческого это имя означает «вестник народа». В основу фамилии легла не полная, а производная форма — Ермишка, которая в быту заменяла полное имя. Такие уменьшительные формы в прошлом были настолько распространены, что породили целые гнёзда фамилий: Ермилов, Ермолаев, Ермохин — и, конечно, Ермишкин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ермишкин буквально значит «сын Ермишки» или «из семьи Ермишки». Эта модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались у крестьян центральных губерний, фамилии на -ин распространены более равномерно, но особенно характерны для северных и поволжских регионов.

Небесным покровителем имени Ермолай считается святой мученик Ермолай, пресвитер Никомидийский. За проповедь веры Христовой в IV веке он был обезглавлен. Память этого святого, а также народная любовь к имени дали жизнь многочисленным производным формам, среди которых Ермишка — одна из самых живых и нецерковных.

Исходное имя Ермолай в простонародной среде часто искажалось до Ермил, Ермоха, Ермиш. Форма Ермишка — не просто уменьшительная, а скорее обиходная, разговорная. Скорее всего, основатель рода Ермишкиных был человеком из простого сословия: крестьянином, ремесленником или посадским. В среде дворянства и духовенства такие «домашние» формы имени в фамилиях практически не закреплялись — там предпочитали Ермолаевы или Ермиловы.

Сегодня фамилия Ермишкина встречается нечасто, но её носителей можно встретить в разных уголках России. Она сохранила память о давнем прозвище предка, которое со временем стало официальным родовым именем.