Фамилия Ермышкин образована по классической русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность. Она буквально означает «сын Ермышки» или «человек из семьи Ермышки». В основе лежит имя или прозвище Ермышка — уменьшительная форма от канонического имени Ермолай.

Имя Ермолай (др.-греч. Hermolaos — «вестник народа») в прошлом было распространено в крестьянской и мещанской среде. В быту его часто «обрубали» до кратких форм: Ерма, Ермоха, Ермыш. Форма Ермышка — результат типичного народного словообразования с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ышк- (ср. Гаврюшка, Петрушка). Таким образом, Ермышкин — это фамилия, закрепившая за предком прозвище по домашнему, обиходному имени.

Интересно, что фамилия Ермышкин встречается реже, чем более распространённые Ермаков или Ермолаев. Это говорит о том, что её родоначальника в семье или в деревне звали именно ласкательно-уменьшительно — Ермышка. В русской ономастике такой способ образования (от формы на -ышка) считается признаком северных и центральных говоров, где любили «ужимать» имена до коротких, почти детских вариантов.

В дореволюционных переписях носители фамилии Ермышкины фиксировались преимущественно в Вятской и Пермской губерниях — регионах активного расселения выходцев с Русского Севера. Это косвенно подтверждает предположение о северном происхождении модели. Сословно это были, скорее всего, государственные крестьяне, которые несли тягло и редко упоминались в дворянских родословных книгах.

Если сравнивать с однокоренными вариантами: Ермаков — от прозвища Ермак (не обязательно связанного с Ермолаем, возможно, от тюркского «ермак» — «разбойник»), Ермолин — от полной формы имени. Ермышкин стоит особняком как более «домашняя», интимная форма. Сегодня фамилия встречается рассеянно, но сохраняет отчётливую привязку к Поволжью и Предуралью.