Фамилия Ермушкины, как и многие русские фамилии, ведет начало от крестильного имени. В её основе лежит имя Ермолай, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Греческое Ερμόλαος (Ермолай) переводится как «вестник народа» — от слов «ермо» (вести, извещать) и «лаос» (народ). Имя это было нередким в святцах: одним из покровителей считается мученик Ермолай Никомидийский, обезглавленный в IV веке за проповедь христианства при императоре Максимиане.

В быту полное церковное имя быстро сократили. От Ермолая образовалась уменьшительная форма Ермушка — ласковое, обиходное прозвище, которое и стало основой для фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ермушкин буквально означало «сын Ермушки» или «человек из семьи Ермушки». Такая модель образования — от краткого имени через суффикс принадлежности — одна из самых распространенных в русской ономастике (сравните с фамилиями Ивашкин, Федькин, Петрушкин).

Интересно, что в говорах форма Ермушка могла закрепиться и за носителем имени Ермил (от греческого «лесной, рощистый»), но для фамилии Ермушкин основная версия — именно от Ермолая. Другие однокоренные фамилии — Ермолаев, Ермохин, Ермошин — образованы от разных производных того же имени, и Ермушкин стоит в этом ряду как вариант с характерным уменьшительным суффиксом -ушк-.

Сказать, в каком именно регионе фамилия появилась раньше, сейчас сложно: процесс становления фамилий у крестьян и мещан растянулся до XIX века. Но точно можно утверждать, что предки носителей фамилии Ермушкины были людьми простого сословия, которых в официальных документах записывали по отцу — «Ермушкин сын». Со временем притяжательное прилагательное застыло в родовом прозвище и перестало меняться по падежам, превратившись в фамилию, которая дошла до наших дней.