Фамилия Ермушкин образована от производной формы крестильного имени Ермолай. В переводе с греческого Ермолай означает «вестник народа». В обиходе это длинное имя сокращали: на русской почве появились варианты Ермак, Ермошка, Ермушка. Последний и лёг в основу фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ермушкин — буквально «сын Ермушки».

Имя Ермолай носил святой мученик, пресвитер Никомидийский. За проповедь христианской веры в IV веке его обезглавили. В народной традиции Ермолай считался покровителем крестьянского труда — ему молились о хорошем урожае, особенно о всходах зерновых. Эта бытовая, «земледельческая» сторона культа редко всплывает в статьях о фамилии, но она важна: предки Ермушкиных с большой вероятностью жили в сельской местности и занимались хлебопашеством.

Интересно, что фамилия Ермушкин — не единственная в этом гнезде. От той же уменьшительной основы возникли Ермошкин и Ермолаев, а от формы Ермак — знаменитая фамилия Ермаков. Ермушкин стоит особняком: вариант Ермушка встречается реже, чем Ермошка, поэтому и фамилия распространена локально. Встречается она преимущественно в Поволжье и на северо-западе России, что подтверждают данные современных телефонных справочников. В остальном фамилия чётко держится словообразовательной модели: корень Ерм-, суффикс -ушк- как ласкательный, окончание -ин. Никакой альтернативной этимологии у неё нет — ни тюркской, ни финно-угорской основы.