Фамилия Ершикова — женская форма фамилии Ершиков, а та в свою очередь восходит к мирскому имени Ершик. В старину такие «рыбные» имена (Ёрш, Ершик) давали наряду с крестильными: родители верили, что ребёнку передадутся цепкость, неуступчивость и бойкость, свойственные этой колючей рыбе. В основе имени — нарицательное «ёрш», а уменьшительный суффикс -ик не просто указывал на маленький размер, но и мог означать «сын Ерша». Иными словами, Ершик — это одновременно и ласковое прозвище, и отчество: «маленький ёрш» или «потомок Ерша».

Словообразовательная модель проста: к основе Ершик- добавился притяжательный суффикс -ов (чья? — Ершикова), который в русских фамилиях закрепился как указание на принадлежность главе семьи. Так что первоначально Ершиковы — это «дети и домочадцы человека по имени или прозвищу Ершик».

В источниках XVI–XVII веков нередко встречаются люди с именем Ёрш: у С. Б. Веселовского отмечены Василий Иванович Ерш Судаков, Ерш Семенович Белкин, князь Дмитрий Иванович Ерш Немого-Оболенский. Учитывая, что суффикс -ик активно использовался в северорусских и новгородских землях для образования уменьшительно-отеческих форм, логично предположить, что фамилия Ершиков (и Ершикова) могла возникнуть именно в тех краях. Географически она чаще всего встречается в Поволжье и центральных областях России, что подтверждает её происхождение из среды крестьян и посадских людей: прозвища по рыбе были особенно популярны в рыболовецких регионах.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с глаголом «ершиться» (упрямиться, ссориться), но это вторичное сближение: прозвище Ерш возникло раньше, чем отвлечённое значение «ершистый человек». Поэтому основная и самая правдоподобная версия — именно от рыбы, а не от черты характера.