Фамилия Есенбекова — женская форма фамилии Есенбеков, которая имеет прозрачную тюркскую этимологию. Она образована по классической для русского языка модели: к основе Есенбек- добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Есенбека). В русской традиции такие фамилии закрепились в XIX–XX веках у народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, где окончание -ов/-ев стало стандартным способом русификации местных имён.

Основа фамилии — составное мужское имя Есенбек, распространённое у казахов, киргизов, ногайцев и других тюркских народов. Первая часть, «Есен», восходит к древнетюркскому «есен» (здоровый, невредимый, благополучный; в некоторых диалектах — «эсен»). Вторая часть, «бек», — титул, означающий «господин», «князь», «владыка». Таким образом, имя Есенбек переводится как «здоровый (благополучный) господин» или «князь в здравии». Изначально это было пожелательное имя: родители надеялись, что сын вырастет крепким и займёт достойное положение.

Словообразовательная модель здесь необычна тем, что суффикс -ов присоединяется не к чисто тюркской основе, а к уже сложному антропониму, который сам по себе является титульным именем. В отличие от русских фамилий, образованных от прозвищ или крестильных имён (Иванов, Кузнецов), Есенбеков указывает не на занятие или отца по имени, а на родоначальника с социально значимым статусным именем. Это характерно для фамилий, которые фиксировали не профессию, а положение предка в иерархии кочевого общества.

Встречается фамилия преимущественно в Казахстане, Киргизии, а также среди казахской диаспоры в России (Астраханская, Оренбургская области). Написание через «ё» в русской передаче встречается редко, чаще — Есенбекова, что соответствует казахской кириллице. В дореволюционных документах возможны варианты Есенбековъ или Ясенбеков, но они не получили широкого распространения. Фамилия не имеет отношения к славянским корням и полностью тюркская по происхождению.