Фамилия Есенбердина образована от мужского имени Есенберды, а оно, в свою очередь, — из двух тюркских основ: «есен» (здоровый, невредимый, благополучный) и «берды» (дал). В буквальном прочтении имя означает «Бог дал здоровье» или «дарованный здоровым». Это типичная для казахской и других тюркских антропонимических систем составная конструкция-пожелание: родители давали такое имя, чтобы ребенок рос крепким и минули его беды.

По своему строению фамилия Есенбердина — женская форма от фамилии Есенбердин. Если у мужчины фамилия Есенбердин, то у его дочери или жены — Есенбердина. Такое различие по роду характерно для русской грамматики, в которую фамилия вошла через оформление суффиксом -ин. Этот суффикс в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Есенбердин, то есть сын или потомок Есенберды.

Географически фамилия почти целиком привязана к Казахстану и к казахской диаспоре в России, особенно в Оренбургской, Астраханской областях и в Алтайском крае. Встречается она и среди башкир, где имя Есенберды также бытовало.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ, эта фамилия сохранила прямую связь с личным именем — без переосмысления, без профессии или сословного ярлыка. Предок носителя фамилии, скорее всего, был простым кочевником или земледельцем, получившим имя по обычаю, а не по ремеслу. Никаких сведений о дворянском происхождении этой фамилии нет — это народная, патронимическая модель, типичная для тюркских народов, перешедших на русский фамильный стандарт в XIX–XX веках.