Фамилия Ескендеров — редкий случай, когда русская патронимическая модель (-ов) накладывается на имя восточного происхождения. В основе лежит мужское имя Ескендер, которое является тюркской и кавказской формой имени Александр. Это прямой аналог таких вариантов, как Искандер (арабское и персидское произношение) или тюркский Эскендер. Таким образом, Ескендеров буквально означает «потомок Ескендера», то есть человека, носившего имя Александр.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность, характерную для русских фамилий, возникших в среде крестьянства, духовенства и мещанства. Однако сама фамилия почти наверняка имеет этническое происхождение, не связанное с великорусскими областями. Она типична для народов Северного Кавказа (особенно адыгов, кабардинцев, черкесов), а также для тюркоязычных групп — татар, башкир, казахов и народов Средней Азии. В этих культурах имя Ескендер (Искандер) было популярно благодаря легендам об Александре Македонском, который в восточной традиции стал героем-полубогом, а иногда и пророком.

С точки зрения ономастики, фамилия Ескендеров интересна тем, что она не является автохтонной русской, но прошла процесс русификации через стандартный суффикс. В исконной среде, например у адыгов, фамилия могла бы звучать как Ескендер (без суффикса) или оформляться через другой патронимический показатель. Появление окончания -ов — это либо следствие канцелярского учёта в Российской империи (когда чиновники записывали горцев и татар «на русский манер»), либо добровольная адаптация при переселении в русскоязычные регионы.

Основной корень — «Ескендер» — в тюркской фонетике часто теряет начальную гласную или меняет её: в татарском языке закрепилась форма Искандер, а в казахском — Ескендір. Поэтому фамилия Ескендеров может соседствовать с однокоренными Искандеров, Искандаров и Эскендеров, и все они восходят к одному источнику — имени великого завоевателя, переосмысленному на Востоке. Разница в написании — это, как правило, отражение местного произношения или особенностей письменности (арабской, кириллической, латинской).

Географически фамилия встречается в основном в республиках Северного Кавказа (Кабардино-Балкария, Карачаево-Черкесия, Адыгея), в Татарстане, Башкортостане и в странах Средней Азии. В центральной России она редка и почти всегда указывает на миграцию предков из этих регионов в XX веке. Сословное происхождение предков могло быть разным: от княжеских родов (у адыгов) до крестьян и ремесленников (у татар и казахов), так как имя было распространено во всех слоях общества.